有些人害怕试管婴儿治疗，因为他们认为细长的针头在取卵过程中会受伤。
想通过试管婴儿怀孕的妇女必须经过取卵的步骤。第一步是服用激素以触发卵子的成熟，然后用取卵针取出卵子并转移到一个盘子里进行孵化。在取卵过程中，妇女会感到疼痛，医生通常会用止痛药来缓解。
在超声显示器上，卵巢立即以蜂窝状的形式显现出来，医生根据显示器操纵探头上的针头，通过逐个吸出卵泡，将卵泡中的液体全部抽出。液体通过穿刺针的管子流到每个试管中。
由于卵泡的大小不同，取回的卵子也不完全处于同一成熟阶段。有些可能是不成熟的，有些则是过度成熟的。刚取回的卵子被丘状细胞所包围，卵子的成熟度通常可以通过这些细胞的扩展程度来判断。
取卵也是一个非常快速的过程，大约需要10分钟。手术过程中没有疼痛，医生会进行局部麻醉，你最多只会感觉到像被蚂蚁咬了一下。医生会给你注射局部麻醉剂，你最多只能感觉到像被蚂蚁咬了一口。经过1至2小时的休息，你可以回家了，你的日常生活不会受到影响。
在取卵之前，很多女性觉得想到长长的针头被插入女性的身体，会非常痛苦。取卵通常是在静脉无痛麻醉下进行的，同时病人处于睡眠状态。取卵后，会有类似于月经的轻微腹痛，大多数女性可以忍受。