免疫缺陷的儿童不应接受减毒活疫苗，因为要使用灭活疫苗。
灭活疫苗和减活疫苗的区别在于，疫苗中的病毒不具有传染性，不能在体内复制。灭活疫苗由失去或减弱其致病性的完整病毒组成，但仍保留其部分或全部的免疫原性。接种疫苗后，病毒抗原刺激身体产生免疫反应，从而获得保护。在减毒活疫苗的情况下，一定程度的毒力被保留下来，病毒可以在接种者体内繁殖，与身体的细胞长期互动，并诱发强大的免疫力。然而，免疫力低下的儿童在接受减毒活疫苗时没有免疫力，而是感染了病毒，这可能导致瘫痪或死亡等严重后果。
目前，临床上使用的减毒活疫苗有以下几种。卡介苗减毒活疫苗、麻疹减毒活疫苗、甲肝减毒活疫苗、冻干甲肝活疫苗、冻干水痘活疫苗。B型脑炎减毒活疫苗、风疹减毒活疫苗、腮腺炎减毒活疫苗、脊髓灰质炎减毒活疫苗和狂犬病减毒活疫苗。
由于许多免疫缺陷病无法早期诊断和筛查，因此，对于反复出现肛周脓肿、反复出现较严重的感染和其他免疫异常的儿童，家长可以在知情、自愿和自费的基础上选择接种灭活疫苗。